思想观念上，有部分人对预算编制重要性认识不够。高校的财务管理停留在“报账式”的水平，预算工作流于形式，没有对整个财务管理工作起到“指挥棒”的作用。 下面是浅析高等学校预算编制。
这已经远远不能适应当前高校发展的需要，必须提高认识，转变观念，把预算管理工作提高到财务管理工作的首位。编制方法上，缺乏准确的基本数据收集和科学分析。目前我国高等学校大多采用增量预算法，存在掩盖上一年度的各种不合理支出的缺点，加上预算编制时间过短、预算编制过程透明度不高等原因造成了部门预算不能客观反映学校财务收支全貌和体现学校的工作重点和发展方向。部门配合上，存在部门预算与单位预算脱节现象。预算没有得到应有的重视，校内各部门认为预算是由财务部门编制和控制的，以致编制预算时各部门的原始信息和数据难以搜集，只能靠经验加往年数据资料粗略地推算，造成有些预算项目存在年初有预算而年内却无支出，预算执行过程中还出现不断追加支出项目。资金使用上，不严格按照编制的预算安排使用执行。有些领导往往从自己分管部门事务出发，不按部门预算使用经费，随意批经费，很少顾及校内其他部门，使部门预算丧失了约束力。
收入预算，高校按照财政拨款、上级补助收入、事业收入、附属单位缴款和其他收入等项目编制。其中，财政拨款的编制依据是学生人数和拨款定额;上级补助收入的编制依据是往年补助收入数;事业收入包括教育事业收入和科研事业收入，教育事业收入的编制依据是学生人数和收费标准，科研事业收入的编制依据是根据往年收入的测算数;附属单位缴款的编制依据是附属单位上报的计划上缴数;其他收入的编制依据是往年收入的测算数。项目支出预算，高校按照教育部下达的项目编制，该项目是教育部事先通过教育部各口申报审核经过专家论证最后确定的项目，学校按照教育部批复的项目任务书的要求来执行预算。对个别项目预算的调整，学校按照规定的程序上报教育部，教育部以文件形式下达预算调整项目及金额。
高校在预算执行过程中，按照教育部要求按时申报基本支出和项目支出计划，基本支出经费在每年7月份基本拨付到位，项目支出经费根据财政部拨款计划按月拨付给学校。学校在执行预算过程中做到基本支出预算按月、季度下达，项目支出预算按照教育部到款一次性下达。